在实际操作中，往来账项询证函可以起到双重作用：一方面，它有助于确保企业自身的财务报表真实可靠；另一方面，也能帮助交易双方及时发现并解决可能出现的账务差异问题。例如，在应收账款方面，通过发送询证函可以让债务人确认欠款的具体数额，从而避免因信息不对称而导致的纠纷。
此外，随着电子商务和跨境贸易的发展，往来账项询证函的重要性日益凸显。特别是在涉及大额资金往来的国际业务中，使用此类函件不仅能够加强各方的信任度，还能有效降低潜在的风险。总之，正确合理地运用往来账项询证函对于维护良好的商业关系具有重要意义。
